Bah petite idée:
monte tes deux durs sur la même nappe IDE, la N°1 (souvent en bleu): ton disque sytème en milieu de nappe, cavalier réglé sur master, ton second disque en extrémité, réglé sur slave.
Monte ensuite ton graveur DVD sur IDE2 en milieu de nappe, cavalier sur master. Si tu as un lecteur DVD ou lect CD en plus, monte-le en bout de nappe, cavalier sur slave.
Quant à la différence de 3Go, c'est normal : pour les fabricants de HD 1Go= milliard d'octet. Or 1Go=1024Mo, 1Mo=1024Ko, 1Ko=1024octets. Du coup 40Go fabricant = en vrai 37.25Go.
J'espère que ma réponse t'aura aidé.
Pour l'histoire du reboot, si tu as mis ton 2ème HD sur le 2ème IDE tout seul, c'est sans doute que dans le Bios, tes réglages faisaient booter sur HDD-1 (2ème disque dur, IDE2), et pas sur HDD-0 comme cela doit être le cas. Si tu veux pas t'embêter à tout remonter correctement (comme indiqué plus haut), règle tes paramètres de boot sur "firsr boot device = HDD-0".