Les outils de Windows 2000 (et ceux de XP) refusent de formater en FAT32 une partition d'une taille supérieure à 32 Go (c'est surement plus un choix "politique" qu'un problème technique)
C'est uniquement le formatage qui pose problème. Si la partition est déjà formatée, il n'aura aucun problème pour l'utiliser.
Donc, soit tu formates en NTFS, soit tu formates en FAT32 avec un autre logiciel.