Merci à tous,
Voici le résultat du problème :
En fait c'est après un formatage bas niveau et une réinstallation du système que je me suis apperçu que le problème était plus complexe.
Après réinstallation, windows me faisait systématiquement un scan de la seconde partition primaire (idem is étendue) de 193Go. Si je laissait le scan, windows corrigait des erreurs et du coup me faisait planter les partitions (erreur Partition Magic) et le système.
Ce qui m'a mis la puce à l'oreille, c'est que j'ai essayé de créer la partition avec Windows, et là il ne me détectait que 88,9 Go au lieu des 193Go... Ma première idée sur la limite des 127Go était donc la bonne. Comme le système est un Windows 2000, l'option de gestion des gros disques n'est pas active par defaut, même avec le SP4 et toutes les mises à jours suivantes (merci Microsoft).
J'ai donc trouvé un utilitaire pour l'activer : http://www.48bitlba.com/enablebiglbatool.htm
Après un reboot, Windows me donnait la possibilité de créer la partition de 193Go...
Comme j'ai l'habitude de partitionner et de faire mes images sous DOS, je ne m'était jamais apperçu du problème (windows affichait bien une partition de 193Go sans pouvoir la gérer - par contre je ne me souvient pas avoir eu le problème du scandisk). Tous les fichiers créés sous DOS qui allait au delà des 88Go sont passé à la trappe, et c'est certainement quand windows à voulu écrire dans la zone qui allait au dela des 88Go qu'il a planté (ça aura mis + de 6mois quand même...).
Pour récupérer toutes les données, il aurait certainement suffit de mettre l'option dans windows et de faire tourner un scan... Trop tard tout est formaté.