c'est une bonne idée. fais les fonctionner le moins possible, la durée de vie du disque dur sera accrue.
mais veille bien à brancher/débrancher dans les regles de l'art. (pex, si c'est à chaud, il faut utiliser des connecteurs d'alim sata et pas les molex). le plus simple c'est quand même d'utiliser une connectique externe (esata, controleur usb/sata)
personnellement, j'ai pas mal de disques de stockages sur un serveur et pour les allumer le moins possible mais en gardant un maximum de fréquence de sauvegarde, les nouvelles données se sauvegardent autaomatiquement sur un seul disque (disque valise) quand celui-ci est plein, toujours automatiquement, les hd de backup s'allument pour se mettre à jour (mais bon, c'est un peu extreme comme solution pour un particulier )