Re-coche immédiatement l'option réorganisation automatique des pages, malheureux !
C'est pas pour te vexer, mais c'est vraiment n'importe quoi ce que tu nous montres là.
Je ne sais pas de quelle manière va être reliée ta publication, mais saches que dans tous les cas, une page paire est nécessairement un verso et que, du coup, une page impaire est un recto. Sur InDesign, les pages cornées à gauche sont des versos, et celles qui le sont à droite sont des rectos, le trait vertical est censé se retrouver au milieu de ces 2 pages (comme sur les pages 2/3, 15/16, 39/40 et 41/42 de ton 1e screenshot).
Fais bien attention quand tu déplaces une page dans ta palette, tu remarqueras que ton curseur change de symbole, t'indiquant plusieurs façon de placer tes pages.
Plus d'info ici.
Je me pose aussi la question de l'utilité et de la légitimité de la répétition des pages 1, 2 et 3...