Ne te casse pas la tête, gèle les calques qui ne t'intéressent pas, sélectionne ce qui reste, nouveau fichier et copier coller. Si tu as besoin de récupérer d'autres éléments par la suite dans ton fichier source autocad, pense à toujours utiliser la même origine pour tous les "fichiers-couches" que tu crées. Quand tu importes dans max l'originie suivra aussi, et tu pourras empiler tes couches sans problème.
Tu peux en profiter pour faire le ménage sur le nouveau fichier avant de l'importer, comme ça dans max tu n'ouvres pas un fichier poubelle (pour garder les calques propres notamment) Pense à purger les calques (+ blocs, etc...) pour être sûrs que ceux qui ne t'intéressent pas ne se retrouveront pas dans max.
J'espère que ça répond à ta question