Bonjour,
actuellement je suis en 1ère STI génie électrotechnique en Lorraine mais comme je déménage en Franche-compte d'ici la fin de l'année scolaire, un lycée bien coté en centre ville me propose d'aller en terminale génie électronique, et donc de changer complètement de section !
J'aurais donc voulus savoir si ce changement de section n'allait pas me pénaliser pour la terminale en premier point et pour le bac surtout en deuxième point ?

Et bien cela dépend. Bien que les notions de "bases" sur l'électricité soient pareil il y a quelques divergeances de programmes et d'épreuves.

En électronique tu apprend surtout les composants (Transistor, Condensateur, AOP, Diode etc) tandis qu'en Electrotech c'est d'avantage les courants forts donc plus de magnétisme avec les moteurs, transformateur etc. Cependant les lois physique sont les mêmes, c'est d'avntage dans leurs applications (et donc les exercices demandés) qu'ils y aura des divergences. Cela dit, ce n'est pas impossible de passer de l'un à l'autre. Sans compter que, sauf erreur, tu n'aurais plus à passer d'oral d'élec/physique (coeff 9) au Bac (Epreuve conçu pour donner des points aux élèves !)

L'autre différence est liée à la Mécanique (Etudes des constructions). Sauf erreur le programme est plus développé en Electrotech et le coefficient plus élevé au Bac. A confirmer.

A toi de voir

PS : Pour ma part j'ai fait un Bac STI Génie Electronique