C'est contraire au principe de compensation semestrielle du système LMD.
Si ça ne marche pas (ce que je ne te souhaite pas du tout). Tu devrais rencontrer la responsable de ta formation en lui expliquant bien ta situation, sans chercher à lui dire que blabla le fonctionnement n'est pas conforme. En gros tu lui expliques que tu es acceptée en M2, apprentissage et tout le bordel... Si tu peux attester que ton état de santé n'arrangeait pas les choses, fais le, c'est un élément pertinent de plus.
Aussi tu peux voir directement avec les profs qui ont corrigé tes copies, mais l'idéal reste quand même, de tenter de voir directement avec le président du jury.
En cas d'échec je te conseille de contacter un membre de l'UNEF de ta fac pour savoir s'il y a eu des antécédents du même genre (très probable). Dans un deuxième temps tu adresses un courrier à la présidence de l'université, en indiquant que la discussion a échoué avec ta responsable... Puis tu soulignes éventuellement l'irrégularité constituée par ce fonctionnement (note éliminatoire) et tu essayes de voir 
Dans la mesure où t'as pas abusé, la négociation avec la responsable devrait déjà être fructueuse...
