Je sais pas du tout si c'est un hack, vu qu'à ma connaissance, on peut rajouter un certain nombre d'infos dans les en-têtes des AVI, qui sont juste ignorées si le lecteur ne les connais pas (un peu comme dans les protocoles de monitoring réseau SNMP).
Sinon, je n'ai pas trouvé comment régler ça avec MPlayer/MEncoder, mais je pense que ça doit être possible. Je me suis chaque fois juste contenté de faire une 3e passe.
...Mais j'ai vu trainer sur la ML d'XviD ce lien: http://www.moitah.net/ qui fait exactement ce que tu veux.... mais c'est du Windows.
Je l'ai jamais testé, donc n'hésite pas à donner ton avis ici!