Pour regarder où en est MySQL essaye le script tuning-primer.sh (google).
mysqld utilise bien tous les cœurs, il me semble qu'il est multithreadé, j'ai déjà vu le processus monter à 600 % avec plusieurs requêtes en parallèle (avec 8 cores virtuels d'un quad-core utilisant l'hyperthreading)
Pour apache, tu as le choix entre le multithreading (mpm-worker, mpm-event) et la gestion d'une requête par processus (mpm-prefork, mpm-itk). Si tu n'as pas de problèmes de performance actuellement, ne t'embêtes pas avec le multithreading. Tu peux par contre jouer sur le nombre de processus en stand-by, le nombre de processus max, durée maximale d'exécution avant recyclage, etc. Regarde la documentation Apache concernant ton MPM (mpm-prefork par défaut habituellement).
Mais si ton serveur tourne bien actuellement, il n'y a aucune raison de changer la configuration par défaut, qui est déjà optimisée pour bien fonctionner dans la plupart des cas.