Tu peux en effet faire ça avec robocopy.
Le commutateur COPY te permet de préciser ce que tu veux copier.
 
Par exemple la lignes de commande suivante :
robocopy "source" "destination" /E /COPY:S
 
va copier toute l'arbo (y compris les sous répertoires vides, c'est le rôle du /E ) ainsi que les droits NTFS.
 
Pour plus de détails :
/COPY:copyflag[s] : What to COPY (default is /COPY:DAT).
                      (copyflags : D=Data, A=Attributes, T=Timestamps).
                      (S=Security=NTFS ACLs, O=Owner info, U=aUditing info).
 
http://ss64.com/nt/robocopy.html