Ca dépend...
Acutellement je fais plus en plus de scripts en VBScript (via Windows Scripting Host) qui est bcp plus souple que les batchs et autres CMD... tu peux même consulter Active Directory, les groupes de l'utilisateur, etc... avec VBScript.
Si tu es intéressé par ce genre de script puissants je te conseille d'acheter le livre suivant (très clair et de nombreux exemples utiles) :
Windows 2000 Scripting Bible
William R. Stanek
IDG Books
(ISBN 0-7645-4677-5)
Si tes scripts sont simples (genre connexions bête de share, synchro horloge, ...) tu peux continuer avec des batchs ce sera amplement suffisant.
Les scripts sont à placer dans le répertoire SYSVOL sous 2000 (cherche un petit peu), ou via l'éditeur de GPO il va te le copier au bon endroit.