Les mises a jours de SBS 2000 vers 2003 c'est toujours toutes une aventure, et il est tres rare qu'on arrive vraiment a une config nickel au bout...
Si vous n'avez pas une tonne de PC client derriere, une reinstall a 0 du serveur serait franchement la solution la plus propre.
Tu peux tenter de repasser l'assistant de SBS pour la mise à jour, mais personne ne va pouvoir te garantir que ca va marcher, ou qu'on contraire ca ne va pas finir de completement de flinguer ton serveur.