configuration :
IP fixe qui arrive sur un serveur Linux/apache
la page d'accueil contient une liste d'applications web à consulter  
certaines de ces applications (d'où le conditionnel) sont sur un serveur Windows 2000/IIS avec une IP locale
comment paramétrer mes liens dans ma page HTML?, dans mon serveur Apache ? dans iptables ?

je dis peutêtre une connerie, mais si tu crée un sous domaine et que ton DNS est mis a jour avec un nouvel hote, il rebalancera théoriquement au bon endroit.

Effectivement, le problème c'est que je n'ai pas de nom de domaine, on entre avec l'adresse IP directement ...

Il y a aussi un autre moyen de le faire avec iptables.
 
Ex : http://katmai.dyndns.org:81
 
Qui redirige vers un serveur SetiQ sur une machine Windows.

Avec IPtables je ne peux pas changer l'adresse de destination en fonction de l'adresse de destination !! et mes liens redirigent vers plusieurs serveurs selon l'application demandée !!