Fat32 :
* un peu plus veloce (juste un petit poil mias c'est pas flagrant).
* peut etre accessible par d'autres OS (win98, ME, NT4 avec utilitaires).
* peut etre "facilement accessible er reparer" meme apres un crash.
NTFS :
* plus fiable (en terme d'integrité des données stockées sur disque).
* securisé.
* accessible par d'autres OS via tools.
* delicat de recuperer des donnees apres un crash (il existe des outils mais c'est pas sur à 100%).
*possibilité de faire des point de montage à la "unix like" (bien cool quand on a besoin de place et que l'on ne veut pas tout casser).