Ca c'est à toi de voir. La première chose que je te conseille, c'est de créer tes partitions avec Fdisk. De toutes façons, toutes avec FAT32, tu n'as pas le choix.
Ensuite, tu installes Win98, et Win2000. Enfin, si tu veux, tu converti une ou des partitions FAT32 en NTFS. Sache que la FAT32 est légèrement plus rapide que le NTFS, mais que le NTFS t'apporte plus de sécurité (et aussi plus de problèmes si tout plante). N'oublie pas que Win98 ne peut accéder qu'à des partitions FAT.