Perso, jai 98 SE et Win2000 en dual boot :
Vérifies sous win2000 que ton fichier "boot.ini" est comme ça :
[Boot Loader]
timeout=30
Default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[Operating Systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professionnel" /fastdetect
C:\="Microsoft Windows 98 Seconde Edition"