Un système ne plante pas moins en NTFS, mais le risque de corruption de fichier en cas de crash est beaucoup plus faible, enfin il me semble. De plus, la fragmentation est moindre et il y a une gestion des droits.
Ytrezax, pour ton pépin, télécharges SystemRescueCD, tu trouveras les outils nécessaire dessus pour formater ton HD depuis le CD, et même pour redimensionner tes partitions au besoin.