le bios et plus particulièrement le lanceur (si je me souviens bien) te fait booter sur les premiers secteur du disque, le MBR : Master Boot Record. Et apres, c'est au boot loader de l'OS de faire son boulot.
Lorsque tu t'installes Linux tu vas avoir grub ou lilo qui s'installer sur le MBR. Il va te proposer via un menu te proposer de booter sur tel ou tel partitiion (normallement les portations doivent etre du type primaire pour qu'elle soit bootable). Sous WIndows, ca sera la meme, il va installer son boot loader mais dont j'ignore son nom.
Bref, le seul petit souci, lorsque tu t'installes n OS sur ton ou tes disques, le dernier OS installé ecrasé le boot loader précédent. Du coup tu peux rencontrer des problèmes pour booter.
J'espere avoir été sufisamment claire.