C'est parce que XP différencie la stratégie selon le type de "disque". Les disques fixes sont optimisés pour les écritures rapides (comprendre: "cache en écriture" ), les disques amovibles pour l'éjection rapide (comprendre : "pas de cache en écriture" ). Du coup, l'éjection à chaud ne pause à priori pas de problème (sauf écriture en cours - se méfier des écritures "cachées" type indexation du disque...), au prix de la perte du cache en écriture.
Par contre, 2000 (et probablement 98) laisse le cache en écriture activé. En pratique, il n'est pas rare que ce soit l'opération d'éjection qui déclenche l'écriture physique! Donc, ejection à chaud = pas de données écrites (ou pire, à moitié avec corruption des fichiers)...
Comme la vocation d'une clé est de se promener d'une machine à l'autre, et que pas mal de boites tournent encore sous 2000, j'éjecte systématiquement. Ca m'évite d'oublier de le faire quand je suis sous 2000 et de réaliser 40km plus loin que je suis reparti avec une clé à moitié vide (véridique! les nerfs...).