Tu te lances là dedans sans même avoir lu un article à ce sujet, c'est pas trés sérieux.
Sache quand même que la notion de contrôleurs primaires ou secondaires à été abandonnée aprés NT4. Sous 2K/2K3, à part les rôles FSMO, rien ne distingue 2 contrôleurs d'un même domaine.
Bref, concernant l'ADPREP, il n'effectuera aucun transfert vers ton 2003, il mettra simplement à jour le schéma de la forêt afin de permettre une bonne réplication des paramètres entre les 2 contrôleurs.
Je te conseille vivement d'aller lire la KB microsoft (en version anglaise de préférence) et de te documenter avant d'aller + loin.