La plus part des éditeurs de solutions de sauvegarde proposent (à prix d'or) des agents pour leurs logiciels.
Sinon il est souvent possible de faire un dump des tables à l'aide d'un script vers plusieurs fichiers et de sauvegarder ces derniers.
Il faut être un peu plus précis sur tes besoins (peux tu arrêter les bases, quel moteur de bases de données, ...)