La quarantaine est utilise pour mettre de côté des fichiers infectés par un virus encore inconnu, ou pas encore réparable. Avec des mises à jour plus récentes, tu es censé pouvoir ensuite désinfecter ces fichiers, à moins que ce soient des fichiers purement générés par le virus.
Dans 99% des cas, la quarantaine ne sert strictement à rien, à part encombrer ton disque dur avec des fichiers vérolés.