Disons que si ton PC est réellement bloqué pendant quelques secondes, ca va être difficile de trouver le coupable. Note qu'une idée serait déjà à l'aide du Task Manager d'augmenter le niveau de priorité à "Temps réél" de ton application qui surveille les processus (task manager ou autres).
Côté utilitaires, regarde Process Explorer / Monitor, ils peuvent t'aider :
http://technet.microsoft.com/en-us [...] 95533.aspx
Après ce genre de freeze peuvent être dû à pleins de choses (disque dur défaillant, CPU qui chauffe trop et baisse sa fréquence, pilote buggué, ...), ce n'est forcément du à un processus que tu peux "voir" et pas forcément dû à une utilisation intensive du CPU.