Dans un fichier PDF, les positions sont généralement indiquées de manière absolues (pas de manière relative) dans une page, par rapport à la mediabox. Pour votre problème, il faudrait changer toutes les positions en x, une par une, ce qui représente surement beucoup de travail.
Il est possible de changer les dimensions de la mediabox et des autres box avec un éditeur de texte, mais je ne crois pas que cela soit la solution dans votre cas.
Pour une explication sur les box, voir http://www.prepressure.com/pdf/basics/page_boxes