FlaskMPEG te demande de choisir la bande-son quand tu ouvres un fichier vob. Donc tu choisis la piste française ou l'anglaise, par exemple. Pour choisir la bonne piste, tu n'as qu'à utiliser les nombreux softs qui permettent d'extraire et de décoder l'ac3. Avec FlaskMPEG, tu peux d'ailleurs encoder un tout petit bout de vidéo, annuler puis lire le fichier ac3 (par défaut, le fichier "audioOut.ac3" ).
Sinon, tu récupères bien la piste ac3 dans FlaskMPEG avec l'option "copie de flux directe"...