Mon pb d'encodage est réglé !
L'erreur qui faisait que l'encodage ne fonctionnait pas avec RM9GUI vient du script .avs.
dans tous les tutoriaux (ceux que j'ai pu lire), qui sont d'ailleurs très bien réalisés et dont je remercie les auteurs, il y a une petite erreur:
Il faut simplement rajouter VIDEO= devant chaques lignes.
Le script devrait ressembler à ça:
video=mpeg2source("c:\monfilm.d2v" )
audio=wavsource("c:\monaudio.wav" )
audiodub(video,audio)
video=FieldDeinterlace
video=crop(4,75,713,433)
etc...
Chez moi, ça marche avec cette modif, que j'ai trouvé en éditant le fichier .avs que me générait AutoRV9 (qui lui marchait et rajoutait bien video davant chaque lignes).
Voilà, si ça peut en aider certains qui avaient le même pb !