C'est peut-être des fichiers wmv protégés alors. (je viens d'essayer avec des wmv, et ça fonctionne bien chez moi)
Au pire tu peux essayer de passer par un fichier AVS (il faut installer avisynth d'abord)...
Pour le son par contre, il faudra extraire avec un soft qui en est capable (peut-être foobar), puis refaire le muxage dans tmpegenc.