MP3Gain présente une particularité intéressante : la réversibilité. Un gain, une fois appliqué, peut être annulé et le fichier retrouve alors son état initial.
Les fichiers PCM (.wav, .aiff...) peuvent également être normalisés (l'application WavGain existe), mais l'annulation du gain ne permettra pas de retrouver l'original, car des erreurs de quantifications se seront ajoutés lors du processus. En somme, la normalisation se fait avec pertes (mineures, certes, mais pertes quand même - ce qui est sans doute dommage pour quiconque conserve ses fichiers sous ce format).
Le plus sage serait alors de d'appliquer une normalisation virtuelle. J'en connais deux : replaygain et soundcheck. Le gain est alors simplement consigné sous forme de chiffres dans une base de données ou dans les tags. Replaygain se trouve sur foobar2000 & Soundcheck sur iTunes. En revanche, le format .wav est si malpratique que je ne suis pas certains qu'il soit encore compatible avec la normalisation virtuelle (foobar2000 l'était jusqu'à la 0.83).
Le mieux serait alors de compresser tes fichiers avec un encodeur lossless (donc sans pertes) qui supportent tous ou presque replaygain (flac, wavpack, monkey's audio, optimfrog) ou soundcheck (ALAC, dans iTunes).
Sinon, il me semble que Windows Vista offre une possibilité de ce genre. A tester au 30 janvier