Bon y a probablement plus simple, mais je javascripte comme je peux...
 
1.html :
 
<BODY onLoad="window.name='1'"><A href="#" onclick="window.open('2.html','page 2','toolbar=0,width=200,height=100');">popup </A>
 </BODY>
 
Ce qui permet de donner un nom à la fenêtre 1. C'est important pour la suite
 
Popup (2.html)
<body>
<A HREF="3.html"  target="1" onClick=self.close()>page 2 </a>
</body>
 
On peut préciser une cible grâce au nommage de la première fenêtre, et le popup se ferme.
 
s'il y a plus simple, ou différent, je suis preneur 