En Java, la "deprecation" permet de faire évoluer une API en douceur. Quand on veux que les utilisateurs n'utilisent plus telle ou telle fonction, parce qu'on propose mieux depuis, on rend la "vieille" fonction "deprecated".
Comme ça, les programmes qui l'utilisent compilent toujours, mais le compilateur affiche un avertissement disant "attention, il vaudrait éviter d'utiliser cette fonction là désormais."
Et accessoirement, si une fonction est deprecated, il y a de fortes qu'elle disparaisse dans un prochain JDK, et ce jour-là, le programme ne compilera plus du tout...
En l'occurrence, regarde le Javadoc de la fonction "dépréciée" (quelle mauvaise traduction !), normalement, s'il est bien fait, il t'indique par quoi remplacer ton appel. En l'occurrence, tu vas y trouver:
Deprecated. This method does not properly convert bytes into characters. As of JDK 1.1, the preferred way to do this is via the String constructors that take a character-encoding name or that use the platform's default encoding.
En clair, il vaut mieux utiliser le contructeur String(byte[] bytes, int offset, int length, String enc). 
