Je n'ai pas compris grand chose mais ça dépend du parser que tu utilises, et l'étape de parsing a lieu avant la transformation donc une stylesheet ne te sera d'aucune utilité.
Avec Xerces2 il y a moyen de préciser un error handler (DocumentBuilder.setErrorHandler()) et de récupérer une SAXParseException dans laquelle on trouve un getColumnNumber() et getLineNumber(). Il y a aussi la méthode DocumentBuilder.parse() qui lance une SAXException en cas d'erreur, et il n'est pas impossible que ce soit en réalité une SAXParseException en cas d'erreur de parsing. A tester avec un instanceof par exemple.