cmyriam | Bonjour,
J'ai essaye de resoudre mon probleme et j'ai cree 2 scripts: 1 en bash et l'autre avec R.
Cependant les 2 ne fonctionnnent toujours pas:
Voila le premier en R:
Code :
- #!/usr/bin/Rscript
- data_csv <- read.table("data.csv",sep=",",header=F) # data.csv = values_EU_2L_1.csv
- counter_values<-c()
- for(i in 1:dim(data_csv)[1])
- {
- counter <-0
- system(paste("./ms 12 100 -t ",data_csv[i,1]," -eN 0.022 0.72 -eN 0.15 0.06 -eN 0.18 0.59 -r ",data_csv[i,2]," 1000 | ./sample_stats | cut -f 4 > Output_temp.csv",sep="" ))
- data_temp <- read.table("Output_temp.csv",sep=",",header=F)
- for(j in 1: dim(data_temp)[1])
- {
- if(data_csv[i,3]>data_temp[j,1])
- counter <- counter+1
- }
- counter_values <- c(counter_values,counter)
- system("rm Output_temp.csv" )
- }
- write.table(counter_values,"counter_file.txt" )
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Le probleme est que lorsque je veux le lancer avec qsub, j'ai le message d'erreur:
Syntax error: “(” unexpected
Je n'arrive pas a trouver quel est l'erreur dans mon script.
Quand au script en bash, le voila:
Code :
- #!/bin/bash
- file="counter_file.txt"
- cat data.csv | while IFS=',' read t r m
- do
- ./ms 12 100 -t ${t} -eN 0.022 0.72 -eN 0.15 0.06 -eN 0.18 0.59 -r ${r} 1000 | ./sample_stats | cut -f 4 > Output_temp.csv
- counter=0
- cat Output_temp.csv | while read temp
- do
- if [ "${m}" \> "${temp}" ]; then
- counter=$((counter+1));
- fi
- done
- echo " $counter"
- rm Output_temp.csv
- done
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La encore, le fichier a la fin ne me donne que 0 et non les valeurs que je veux.
Si quelqu'un pouvait m'aider, ca serait vraiment super.
Merci d'avance,
Myriam
Message édité par cmyriam le 15-03-2016 à 17:23:24
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