Ah, c'est donc de l'Unix.
Pour récupérer ce qui n'est pas commun entre deux fichiers, diff est la commande habituelle, mais il faudrait que les fichiers soient triés, donc un petit sort ordinaire est à faire avant.
Pour récupérer ce qui est commun, il doit y avoir des astuces, mais je n'en ai pas qui me viennent à l'esprit immédiatement, donc je ferais un petit script, et je ne crois pas qu'il prendrait beaucoup de temps d'exécution même pour 50 000 lignes, si les fichiers sont triés au départ.