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Problème de script

n°2262039
fety
Posté le 07-07-2015 à 19:04:31  profilanswer
 

Bonjour à tous,  
 
Je suis un novice en programmation, et un ami m'a donné ce script:  
#!/usr/bin/env python2.7.6  
import argparse  
 
parser = argparse.ArgumentParser(description='Process the JSpecies output file to MEGA.')  
parser.add_argument(dest='JSfile', metavar='', help='JSpecies file', type=str)  
args = parser.parse_args()  
 
M=[]  
 
with open(args.JSfile, 'r') as JSinput:  
    for line in JSinput:  
        line = line.split()  
        M.append(line)  
 
analyseType = str(M[0][0])  
title = '!Title '+analyseType+' results from '+args.JSfile+';'  
 
if analyseType == 'ANIm':  
    description = '!Description ANIm is the Average Nucleotide Identity using MUMmer algorithm calculated by the JSpecies software;'  
elif analyseType == 'ANIb':  
    description = '!Description ANIb is the Average Nucleotide Identity using BLAST algorithm calculated by the JSpecies software;'  
elif analyseType == 'Tetra':  
    description = '!Description Tetra is the Tetranucleotide Signature Frequency Correlation Coefficient calculated by the JSpecies software;'  
else:  
    description = ''  
 
format = '!Format DataType=Distance DataFormat=LowerLeft NTaxa='+str(len(M[1]))+';'  
 
 
print('#mega', title, description, format, sep='\n')  
print()  
 
for i in M[1]:  
    print('#', i, sep='')  
print()  
for i in M[3:]:  
    stop = i.index('---')  
    for j in range(len(i[:stop-1])):  
        if analyseType != 'Tetra':  
            i[j+1] = i[j+1].replace('NaN','50')  
            i[j+1] = '{0:f}'.format(100-float(i[j+1]))  
        else:  
            i[j+1] = i[j+1].replace('NaN','50')  
            i[j+1] = '{0:f}'.format(1-float(i[j+1]))  
    print(' '.join(i[1:stop]))  
 
 
Cependant à chaque fois je reçois un message d'erreur en exécutant la commande python ./jspecies2mega.py :  
File "./jspecies2mega.py", line 30  
 
    print('mega', title, description, format, sep='\n')  
 
                                                             ^  
 
Tout aide serait le bienvenue :)
 
Merci par avance,
 
Fety,

mood
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Posté le 07-07-2015 à 19:04:31  profilanswer
 

n°2262427
masklinn
í dag viðrar vel til loftárása
Posté le 14-07-2015 à 12:28:42  profilanswer
 

Le script demande Python 2(.7.6), mais la fonction print est dans Python 3 (ou doit être activée explicitement avec from __future__ import print_function)

 

Lancer le script avec Python 3 me semble être le plus simple.


Message édité par masklinn le 14-07-2015 à 12:29:31

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I've never understood the compulsion to use Web technologies minus the Web's security and deployment models. It seems a bit like throwing the orange away and eating the peel. — @ justinschuh‬

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