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Problème de script

n°2262039
fety
Posté le 07-07-2015 à 19:04:31  profilanswer
 

Bonjour à tous,  
 
Je suis un novice en programmation, et un ami m'a donné ce script:  
#!/usr/bin/env python2.7.6  
import argparse  
 
parser = argparse.ArgumentParser(description='Process the JSpecies output file to MEGA.')  
parser.add_argument(dest='JSfile', metavar='', help='JSpecies file', type=str)  
args = parser.parse_args()  
 
M=[]  
 
with open(args.JSfile, 'r') as JSinput:  
    for line in JSinput:  
        line = line.split()  
        M.append(line)  
 
analyseType = str(M[0][0])  
title = '!Title '+analyseType+' results from '+args.JSfile+';'  
 
if analyseType == 'ANIm':  
    description = '!Description ANIm is the Average Nucleotide Identity using MUMmer algorithm calculated by the JSpecies software;'  
elif analyseType == 'ANIb':  
    description = '!Description ANIb is the Average Nucleotide Identity using BLAST algorithm calculated by the JSpecies software;'  
elif analyseType == 'Tetra':  
    description = '!Description Tetra is the Tetranucleotide Signature Frequency Correlation Coefficient calculated by the JSpecies software;'  
else:  
    description = ''  
 
format = '!Format DataType=Distance DataFormat=LowerLeft NTaxa='+str(len(M[1]))+';'  
 
 
print('#mega', title, description, format, sep='\n')  
print()  
 
for i in M[1]:  
    print('#', i, sep='')  
print()  
for i in M[3:]:  
    stop = i.index('---')  
    for j in range(len(i[:stop-1])):  
        if analyseType != 'Tetra':  
            i[j+1] = i[j+1].replace('NaN','50')  
            i[j+1] = '{0:f}'.format(100-float(i[j+1]))  
        else:  
            i[j+1] = i[j+1].replace('NaN','50')  
            i[j+1] = '{0:f}'.format(1-float(i[j+1]))  
    print(' '.join(i[1:stop]))  
 
 
Cependant à chaque fois je reçois un message d'erreur en exécutant la commande python ./jspecies2mega.py :  
File "./jspecies2mega.py", line 30  
 
    print('mega', title, description, format, sep='\n')  
 
                                                             ^  
 
Tout aide serait le bienvenue :)
 
Merci par avance,
 
Fety,

mood
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Posté le 07-07-2015 à 19:04:31  profilanswer
 

n°2262427
masklinn
í dag viðrar vel til loftárása
Posté le 14-07-2015 à 12:28:42  profilanswer
 

Le script demande Python 2(.7.6), mais la fonction print est dans Python 3 (ou doit être activée explicitement avec from __future__ import print_function)

 

Lancer le script avec Python 3 me semble être le plus simple.


Message édité par masklinn le 14-07-2015 à 12:29:31

---------------
I mean, true, a cancer will probably destroy its host organism. But what about the cells whose mutations allow them to think outside the box by throwing away the limits imposed by overbearing genetic regulations? Isn't that a good thing?

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