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Auteur | Sujet : [perl] Probleme double lecture |
Publicité | Posté le 16-03-2011 à 14:12:19 |
shadow19c | Oui , excuse moi je reprend comme cest un probleme bioinformatique;je reprend:
Message édité par shadow19c le 17-03-2011 à 10:52:25 |
gilou ModérateurModzilla | Je comprends a peu près, mais j'ai encore quelques questions:
Message édité par gilou le 17-03-2011 à 12:08:49 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | Ben en fait, ce quil faut faire cest de decouper en bloc, DSVIAAMSKRGQDRLHHVIRILAEKGHVKELATAFYGNYTVQDLLDATHXXXXXXXXXXX
Message édité par shadow19c le 17-03-2011 à 12:40:04 |
gilou ModérateurModzilla | Je dois aller manger la, je reviens dans une petite heure.
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shadow19c | ok merci |
gilou ModérateurModzilla | Je crois que j'ai pigé si c'est ce que tu veux, mais expliques moi si c'est bien ça: Quand tu as: Tu veux verifier que quand tu as deux lettres pile l'une en dessous de l'autre, et qui ne sont ni X ni - la premiere a pour position une position donnée dans la liste des positions pour query et l'autre pour position une position donnée dans la liste des positions pour subject, c'est bien ça? C'est pile l'une en dessous de l'autre ou pas? car ça, ça change tout dans la manière de proceder. A+, Message édité par gilou le 17-03-2011 à 14:42:00 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | Oui , un truc du genre comme la longueur des deux sequences est la meme, donc je regarde si la position de la lettre que je suis entrain de lire est dans la table des position , et pareil pour la lettre den dessous si tous les deux positions osnt dans la table des positions correspondantes je renvoie les deux valeurs, et je continue aisni |
gilou ModérateurModzilla | Un truc de ce style?
C'est ce genre de chose que tu cherches a faire, ou c'est plus complexe? A+, Message édité par gilou le 17-03-2011 à 15:33:55 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
Publicité | Posté le 17-03-2011 à 15:27:04 |
shadow19c | OUI c'est bon je vais essayer de faire cela , par contre j'ai pas compris la partie " (et saute celles trop petites ou trop grandes)." |
gilou ModérateurModzilla |
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shadow19c | merci pour les explications |
shadow19c | Bonjour, merci pour tes explications, mais voila je voudrai faire mon calcul a tres grande echelle:
Message édité par shadow19c le 13-04-2011 à 09:17:28 |
shadow19c | voila j'ai essaye ceci mais ca ne focntionne pas help me please!!!!!
Message édité par shadow19c le 18-03-2011 à 10:21:29 |
gilou ModérateurModzilla | Comme je t'ai déjà dit (ben je croyais l'avoir posté, mais la, je vois pas mon message), je regarde cet après midi, une fois que j'aurais effectué des démarcher pour louer un utilitaire (vais tenter le coup avec le nouveau service carrefour)
Message édité par gilou le 18-03-2011 à 12:51:34 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | Ok , desole, merci et bon courage |
gilou ModérateurModzilla | Bon, je dois ressortir, mais je vais te donner une idée de comment procéder pour la lecture de ton fichier:
Message édité par gilou le 18-03-2011 à 18:35:53 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | Je dois appeler comment le process? |
gilou ModérateurModzilla | Ben c'est une subroutine.
Message édité par gilou le 18-03-2011 à 18:35:24 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
gilou ModérateurModzilla | Une version un peu plus aboutie et optimisée en évitant de recopier inutilement les données:
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shadow19c | Bonjour, merci pour ce programme , par contre il n y a pas un autre moyen d'utiliser use autodie qw(open close); car je suis une ancienne version et comme j'ai pas les droits je ne peux pas mettre a jour:
Message édité par shadow19c le 13-04-2011 à 09:17:55 |
gilou ModérateurModzilla |
Par contre, le premier fichier perl donné est
Message édité par gilou le 21-03-2011 à 10:59:33 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | Merci pour ton aide j'ai ajoute la partie que tu as dit mais ca marche pas j'ai un truc
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gilou ModérateurModzilla |
C'est a dire??
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shadow19c | Ben j'ai ajoute open my $fh, "<$filename" or die "error opening $filename $!.\n"; mais maitenant il reconnait pas le fichier et aussi la partie ou je dois afficher a la fin j'ai pas compris
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shadow19c | Et jai une version 5.10 |
gilou ModérateurModzilla |
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shadow19c | Desole j'ai pas tous compris je suis pas bon en perl:voici le code je dois modifier quoi:ca j'ai un
Message édité par shadow19c le 21-03-2011 à 11:21:24 |
gilou ModérateurModzilla | >> Warning: Unexpected Query at line 18
Message édité par gilou le 21-03-2011 à 11:27:10 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | voila un exemple de fichier blast vu que ca change a chaque fois
Message cité 1 fois Message édité par shadow19c le 13-04-2011 à 09:18:12 |
gilou ModérateurModzilla |
C'est celui qui t'a donné le warning?
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shadow19c | Ben oue je pense que quand tu fais copier coller ca marche, je comprends pas!!!
Message cité 1 fois Message édité par shadow19c le 21-03-2011 à 11:39:35 |
gilou ModérateurModzilla |
Ben oui, je vais quand même pas tout faire a ta place.
Ben vu que tes explications sont vaseuses sur la question, pour le moment, je peux pas. Message édité par gilou le 21-03-2011 à 12:07:39 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
gilou ModérateurModzilla | Au fait, pour autodie, rien a voir avec la version, c'est juste que le module est pas installé par défaut dans ton installation, il faut l'installer avec cpan (ou ppm d'active state si tu es sous windows et utilise leur perl)
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shadow19c | Oui pardon, en fait j'ai pas compris la partie du module Getopt::Long, car je dois le mettre dans quelle programme a priori le deuxieme celui qui fait la recherche, mais cest pour lui dire que les positons ce sont les $aa du premier code je dois modifier le process??
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gilou ModérateurModzilla | Getopt::Long si tu vas voir la doc, tu devrais comprendre. c'est un module qui récupère des arguments passé en ligne de commande de manière plus intelligente que passer par @ARGV. Pour le reste, tu n'as toujours pas expliqué le lien entre ce que tu fais avec tes fichier cds et le fichier blast. Qu'est ce que tu veux lier comme info entre les deux? Tes tables de positions sont calculées a partir des cds? ou quoi d'autre? A+, Message édité par gilou le 21-03-2011 à 13:12:52 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | Le fichier blast contient les ID's ce qui permet de faire le blast Cv-***(query) sur aster-***(subject), donc quand j'ai construit le hash du debut (premier programme, j'ai cree pour chaque Id une ou plusieurs positions et aussi j'ai calcule la taille des introns.
Message édité par shadow19c le 21-03-2011 à 13:32:00 |
gilou ModérateurModzilla |
Message édité par gilou le 21-03-2011 à 14:06:34 --------------- There's more than what can be linked! -- Iyashikei Anime Forever! -- AngularJS c'est un framework d'engulé! -- |
shadow19c | En fait quest ce que je dois modifier dans le programme deux, je comprends pas.
Message cité 1 fois Message édité par shadow19c le 21-03-2011 à 14:20:17 |
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