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  PHP traducteur de séquences d'ADN

 


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Auteur Sujet :

PHP traducteur de séquences d'ADN

n°1533830
maryach
slt tt le onde!
Posté le 26-03-2007 à 16:34:45  profilanswer
 

slt tout le monde!
je me demande comment faire pour définir un format fasta dans un script PHP?
le prof m'as dis d'utiliser explode implode...mais j'ai pas bien compris comment faire?!!
si quelqu'un a déjà fais ce genre e problème et a la solution, j'en serai ravi. et merci d'avance

mood
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Posté le 26-03-2007 à 16:34:45  profilanswer
 

n°1533842
rufo
Pas me confondre avec Lycos!
Posté le 26-03-2007 à 17:01:28  profilanswer
 

Pour le découpage, vu qu'il n'y a pas de séparateur et que chaque info est codée sur 1 caractère -> http://fr.php.net/manual/fr/function.str-split.php
Ensuite, suffit d'avoir dans un tableau associatif la table de décodage du style :  
array('A' => 'Adenosine', 'C' => 'Cytidine'...);
http://en.wikipedia.org/wiki/Fasta_format
 
Et à la fin, un petit coup de implode(). Y'a rien de compliqué ;)

n°1534233
maryach
slt tt le onde!
Posté le 27-03-2007 à 14:16:21  profilanswer
 

en fait le script reconnait pas la foction str_spilt. merci comme même.

n°1534245
anapajari
s/travail/glanding on hfr/gs;
Posté le 27-03-2007 à 14:29:52  profilanswer
 

STR_SPLIT.
merci QUAND même.

n°1534248
rufo
Pas me confondre avec Lycos!
Posté le 27-03-2007 à 14:30:48  profilanswer
 

Effectivement, j'avais pas fait gaffe que c'était à partir de php5. si t'as la possibilité, passes en php5. Si t'es sous windows, y'a Wamp 1.6, et sous Linux, t'as Xamp...
Sinon, bah faut recoder cette fonction avec une boucle for et substr()
 
Autre solution si ta séquence est de la forme "une lettre = un nom de molécule" : str_replace()

Code :
  1. str_replace(
  2.                 array('A', 'C', ...),
  3.                 array('Adenosine', 'Cytidine', ...),
  4.                 $strSeqADN
  5.               );

n°1534272
anapajari
s/travail/glanding on hfr/gs;
Posté le 27-03-2007 à 14:48:09  profilanswer
 

Ahh ok pour str_split, j'avais cru à la faute d'orthographe!!!
une chaine de caractère est un pseudo-tableau en php tu peux boucler directement dessus.

Code :
  1. $a = 'tototot bolino';
  2. for ($i=0; $i<strlen($a);$i++){
  3.   print $a[$i].'-';
  4. }


sinon rien ne t'empêches de faire un preg_split("//", $tastring), fonctionnant sous php4, equivalent au str_split.

 


Message édité par anapajari le 27-03-2007 à 14:48:39
n°1534902
maryach
slt tt le onde!
Posté le 28-03-2007 à 11:57:11  profilanswer
 

merci bcp pour vos reponses!


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