C'est le problème classique du header.
Cette question fait d'ailleurs l'objet du 9eme point du FAQ squi se trouve sur le site de fpdf, http://www.fpdf.org/
Citation :
Il ne faut rien envoyer d'autre au navigateur que le PDF lui-même : pas d'HTML, pas d'espace, pas de retour-chariot. Un cas fréquent est d'avoir des lignes vides à la fin d'un fichier inclus.
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Donc, il faut enelever doctype, html, head, etc.
Le principe est qu'une page qui contient un document PDF ne contient que du PDF (généré par le fpdf et PHP) et un header special (généré par fpdf), mais pas de HTML ordinaire. On ne peut pas faire un panachage avec une partie HTML ordinaire et une partie PDF, sauf si on utilise l'astuce d'avoir des frames comme sur le site de la Bibliothèque Nationale.