Avec Java RMI (Remote Method Invocation),
Tu crées un objet Script, avec un attribut File contenant par exemple le path vers ton script (par exemple),
Tu peux ainsi passer a une methode distante avec un ou des paramètre, un chemin, une option, un fichier...
tu codes une method execute (qui sera executable a distance) qui s'applique sur ton objet script, cette derniere prend en param un String Path et un File (fichier que tu veux utilisé avec ton script)
Dans ton code, sur la machine distante (par exemple apres la génération de script par ton apps java), tu "partages" ton objet script via RMI (avec Naming.rebind()).
Dans ton code, sur la machine local, tu entres ton paramètre, tu crées un objet File avec le fichier que ton application distante a besoin et tu execute la methode distante avec comme paramètre tes objets locaux... Ca va être magique.
En gros ce que ta besoin de connaitre, c'est le RMI, google "Java RMI" et lancer un processus en Java avec l'objet Process. Si ta des questions va y