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calcul mathematique simple, optimisation Java

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Auteur	Sujet : calcul mathematique simple, optimisation Java

ztg

ci dessous le code et le temps d'execution d'un petit programme tout simple, en C et en Java

$ cat cr.c
#include "math.h"
#define SIZEA 1024
#define SIZEB 4096

static double mat[SIZEA][SIZEB];
static double var[SIZEA];
static double cor[SIZEA][SIZEA];

int main(int argc, char** argv) {

int i,j,k,l;
for (i=0;i<SIZEA;i++) {
for (j=0;j<SIZEB;j++) {
mat[i][j]=pow(-1,i)*i/(j+1.0);
}
}
for (i=0;i<SIZEA;i++) {
double mean;
mean = 0;
for (j=0;j<SIZEB;j++) {
mean+=mat[i][j];
}
mean/=SIZEB;
double variance = 0;
for (j=0;j<SIZEB;j++) {
variance+=pow((mat[i][j]-mean),2);
}
variance/=SIZEB;
var[i]=variance;
}
// calculate correlation
for (i=0;i<SIZEA;i++) {
for (j=0;j<SIZEA;j++) {
cor[i][j]=0;
for(k=0;k<SIZEB;k++) {
cor[i][j]=mat[i][k]*mat[j][k]/(SIZEB*sqrt(var[i]*var[j]));
}
}
}
return 0;
}
$ cat cr.java
class Cr {

public static void main(String [] args) {

double[][] mat = new double[1024][4096];
double[] var = new double[1024];
double[][] cor = new double[1024][1024];

int i,j,k,l;
for (i=0;i<1024;i++) {
for (j=0;j<4096;j++) {
mat[i][j]=Math.pow(-1,i)*i/(j+1.0);
}
}
for (i=0;i<1024;i++) {
double mean;
mean = 0;
for (j=0;j<4096;j++) {
mean+=mat[i][j];
}
mean/=4096;
double variance=0;
for (j=0;j<4096;j++) {
variance+=Math.pow((mat[i][j]-mean),2);
}
variance/=4096;
var[i]=variance;
}
// calculate correlation
for (i=0;i<1024;i++) {
for (j=0;j<1024;j++) {
cor[i][j]=0;
for(k=0;k<4096;k++) {
cor[i][j]=mat[i][k]*mat[j][k]/(4096*Math.sqrt(var[i]*var[j]));
}
}
}
}
};

$ gcc -lm cr.c -o cr
$ gcc --version
gcc (Debian 4.3.4-2) 4.3.4
Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

$ javac cr.java
$ java -version
java version "1.6.0_0"
OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.5) (6b16-4)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b15, mixed mode)
$ time ./cr
87.9u 0.0s 1:27.92 99.9% 0+0k 0+0io 0pf+0w
$ time java Cr
117.5u 46.8s 1:24.47 194.6% 0+0k 0+112io 1pf+0w

Constatations:

- le temps CPU user+system consomme est plus faible pour le binaire C que pour le semi-binaire Java (Java 80% plus lent)
- le temps d’execution est plus lent de 3s sur 1min30s environ avec avantage pour Java
- C a tout son temps en “user” alors que Java a une repartition 70-30 pour user et system

Questions:
1) Pourquoi le temps CPU C est il bien plus faible que Java? Je m’attendais a ce que Java soit un peu plus lent, le temps de convertir le .class en instructions machines, mais pas dans de telles proportions?
2) Pourquoi C consomme t’il du temps user quasi uniquement, et Java du temps user et systeme?
3) Pourquoi le temps d’execution reel de Java est il plus court malgre le temps CPU quasi 2x plus long? Mon programme n’est pas multi-thread, donc ca ne devrait pas arriver?

Merci

--ztg

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sligor

Code :

for(k=0;k<4096;k++) {
cor[i][j]=mat[i][k]*mat[j][k]/(4096*Math.sqrt(var[i]*var[j]));
}

tu es sûr de vouloir calculer cor[i][j] 4096 fois (et d'écraser la valeur précédente à chaque fois) ?
A mon avis il manque un "+"

Message édité par sligor le 24-09-2009 à 20:58:46

ztg

il devrait y avoir un "+=" au lieu du "=", exact

mais a la limite ca ne change rien, vu que l'erreur est dans les deux, non?

sligor

par contre ça risque de démultiplier le temps de calcul
si les compilo sont pas cons ils ont supprimé cette boucle

Message édité par sligor le 24-09-2009 à 20:59:51

ztg

ce qui importe ici c'est que les deux fassent la meme chose, pas l'exactitude du calcul

ztg

ok je modifie et je vois si ca change

ztg

bon on pouvait s'y attendre, les deux executions sont plus lentes apres cette petite modif (merci sligor de l'avoir mentionnee, effectivement on aurait pu imaginer que le compilo avait optimise ca en prenant juste la 4096e valeur... mais en fait non)

nouveaux temps d'execution:

# gcc -lm cr.c -o cr && time ./cr
94.6u 0.0s 1:34.63 99.9% 0+0k 0+0io 0pf+0w
# javac cr.java && time java Cr
117.0u 47.4s 1:24.55 194.5% 0+0k 0+112io 1pf+0w

la question demeure

sligor

il sont cons ces compilateurs [:ocolor]

Sinon: tu as des tableau énormes (~64Mo) donc tu exploses la mémoire cache et le CPU se tourne les pouces à attendre les datas à chaque fois.
Tu effectues des calculs compliqués sqrt float & div float: le cpu se tourne les pouces en attendant la fpu. La performance de la machine impacte beaucoup plus le résultat que les optimisations de compilation

Message édité par sligor le 24-09-2009 à 21:08:18

ztg

un autre truc, dans la meme portion de code, je calcule k fois 4096*Math.sqrt(var[i]*var[j]) alors qu'une suffirait (en pratique je fais ca souvent pour pas faire exploser des limites hautes pour les entiers, mais ici ca a peu de sens)

me demande si gcc est assez intelligent pour optimiser ca, je teste

ztg

>sligor

ok ca a du sens

maintenant, pourquoi cette difference entre l'execution C et Java?

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sligor

au passage: -ffast-math peut être très utile: testé et approuvé

ztg

deja teste, ca ralentit mon execution C de 5% (va savoir pourquoi)

sligor

tu es sûr ? chez moi je gagne presque un rapport 10 juste en ajoutant cette option
Quelle version de gcc au passage ?

gcc -lm -O3 -mfpmath=sse -msse2 cr.c -o cr -ffast-math

Message édité par sligor le 24-09-2009 à 21:16:55

ztg

apres modif du diviseur dans corr[i][j] (des deux cotes bien sur)
et test --fast-math (c'etait en fait un autre flag qui me donnait -5%, j'ai parle trop vite)

# gcc -lm cr.c -o cr && time ./cr
24.6u 0.0s 0:24.67 100.0% 0+0k 0+0io 0pf+0w

# gcc -lm -ffast-math cr.c -o cr && time ./cr
24.6u 0.0s 0:24.68 100.0% 0+0k 0+0io 0pf+0w

# javac cr.java && time java Cr
6.9u 1.1s 0:06.10 132.6% 0+0k 0+64io 1pf+0w

[:rofl]

je comprends plus rien

ztg

ah ouais

# gcc -lm -O3 -mfpmath=sse -msse2 -ffast-math cr.c -o cr && time ./cr
5.8u 0.0s 0:05.89 99.8% 0+0k 0+0io 0pf+0w

ztg

ca va mieux en effet

sligor

en fait -O3 avec -ffast-math permet à GCC de vectoriser le code
tu peux utiliser "-ftree-vectorizer-verbose=5" pour voir ce qu'il arrive à vectoriser. Mais de toute façon la boucle qui prend le plus de temps et qui est donc la plus importante est la dernière

Message édité par sligor le 24-09-2009 à 21:25:05

ztg

en augmentant la taille des tableaux pour avoir qqch de plus significatif:

# gcc -lm -O3 -mfpmath=sse -msse2 -ffast-math cr.c -o cr && time ./cr
24.5u 0.0s 0:24.61 100.0% 0+0k 0+0io 0pf+0w
# javac cr.java && time java Cr
33.6u 12.2s 0:25.05 183.3% 0+0k 0+64io 1pf+0w

c'est quoi tout ce temps system en Java :??:
et pourquoi 183.3%? le temps system serait il execute en // ?

ztg

enfin au final, Java 87% plus lent

ztg

questions restantes:

- pourquoi tant de temps CPU en plus en Java par rapport a C?
- qu'est ce que ce temps systeme?
(optionnel)
- pourquoi 64io en Java et 0 en C? pourquoi 1pf en Java et 0 en C?

e_esprit

A vue de nez ca ressemble à un optimisation de java (fais donc un htop pendant l'execution, tu vas comprendre).

D'ailleurs si tu regardes bien le rapport de time :
C : 99.9 % (1 CPU)
Java : 194.5% (2 CPUs)

Après, quelle est cette optimisation...

---------------
Ce n'est point ma façon de penser qui a fait mon malheur, c'est celle des autres.

ztg

entre parentheses, avec -mtune=native C est encore plus rapide (1s de moins que sans)

# gcc -lm -O3 -mfpmath=sse -msse2 -ffast-math -mtune=native cr.c -o cr # time ./cr
23.5u 0.0s 0:23.62 100.0% 0+0k 0+0io 0pf+0w

>e_esprit

en theorie ce calcul est parfaitement parallelisable, c'est a dire que si j'ai 8 cpu je vais quasi 8 fois plus vite
maintenant, java est 80% plus lent mais utilise 2 CPU donc bat C sur la ligne d'arrivee... mais que fait il exactement, et pourquoi?

cbeyls

Hail to the King, Baby

Ayayaye, encore quelqu'un qui veut comparer des pommes et des oranges...

Bon alors c'est simple: quand tu lances programme Java, tu lances la JVM (un énorme programme très complexe) qui à son tour lance ton programme. Tu ne peux pas comparer le temps qu'il faut pour démarrer une JVM avec le temps qu'il faut pour démarrer un programme C déjà compilé qui est nul ou presque. La JVM est lourde à charger, c'est connu.

Si tu veux vraiment chronométrer un temps d'exécution, tu dois mesurer le temps d'exécution de l'application en récupérant une valeur sur l'horloge système juste avant et juste après le calcul (par exemple avec System.currentTimeMillis() même si ce n'est pas le plus précis), sinon tu vas mesurer également le temps qu'il faut pour démarrer et arrêter la JVM!

De plus, la JVM commence par interpréter puis compile nativement les parties du code les plus fréquemment utilisées au fil du temps (compilateur JIT intelligent), ce qui veut dire que la première exécution du calcul sera plus lente que la dernière si tu en fais plusieurs. Raison pour laquelle quand on fait des benchmarks Java, il est plus "fair play" de ne pas chronométrer la première exécution du code ni même la deuxième, mais plutôt la 3e ou 4e exécution (sans arrêter la JVM entre chaque exécution bien entendu!).

Tu devrais alors mesurer des performances quasi semblables avec sans doute un avantage pour le code C, en particulier parce que les calculs de type racine carrée, sinus et cosinus sont plus lents en Java qu'en C.

Enfin sache qu'il existe un JVM client et une JVM serveur (dont la disponibilité varie d'une plate-forme à l'autre) qui peuvent offrir des performances différentes.

Message édité par cbeyls le 24-09-2009 à 22:53:25

sligor

faut pas délirer, sur 23s le temps de lancement de la JVM est très négligeable. De même pour le JIT, ici on execute une boucle plusieurs millions de fois

Message édité par sligor le 24-09-2009 à 22:53:20

cbeyls

Hail to the King, Baby

En tous cas la JVM explique les IO et le reste des différences avec le code C.

Effectivement si on exécute une racine carrée plusieurs millions de fois, alors que cette opération est connue pour être beaucoup plus lente en java qu'en C, ce n'est pas étonnant que ce soit très lent

Mais bon je pense que comparer du Java et du C pour savoir lequel est le "meilleur" n'a aucun sens. Comparer plusieurs JVM ou implémentations Java serait plus intéressant.

Tu pourrais aussi essayer le compilateur java natif GCJ versus GCC.

Message cité 1 fois

ztg

>cbeyls

merci pour ces explications
le but ici n'etait pas de dire "qui ou qui est le plus rapide" (ca je crois qu'on le sait) mais "qui fait quoi et comment" pour expliquer les differences
et ton post m'eclaire sur certains points :jap:

cbeyls

Hail to the King, Baby

Content d'avoir éclairé ta lanterne!

Petite remarque quand même: le C n'est pas toujours le plus rapide contrairement à ce qu'on croit. En particulier, Java peut être plus efficace que du code C pour l'allocation de mémoire, la gestion des Exceptions et autres. Et avec chaque nouvelle version de Java, les performances sont améliorées.

Avant de me faire démolir par les pro-C, je tiens à préciser que j'aime et utilise de nombreux langages dont le Java et le C

sligor

Quand les exceptions impactent les performances c'est qu'elle sont mal utilisées (valable pour n'importe quel langage)

Taz

bisounours-codeur

Joelf ! viens nous apprendre à parcourir une matrice !

(sinon je pow(x, 2) faut voir à faire soit même le * et zieuter l'asm, des fois c'est mieux).

ztg

question subsidiaire:

qu'est ce que la JVM fait avec mon kernel pendant 30% du temps cpu?

ztg

taz, que veux tu dire pour le parcours d'une matrice?

THRAK

- THR4K -

cbeyls a écrit :

[...]

Mais bon je pense que comparer du Java et du C pour savoir lequel est le "meilleur" n'a aucun sens. Comparer plusieurs JVM ou implémentations Java serait plus intéressant.

Tu pourrais aussi essayer le compilateur java natif GCJ versus GCC.

:jap:

Le type de JVM et de compilo JIT va avoir une influence non négligeable en terme d'exécution de code, l'architecture utilisée joue pas mal aussi ; à ce niveau je pense plus particulièrement aux implémentations Zero/Shark vs Cacao.

Aujourd'hui, en matière de JDK, l'implémentation open source OpenJDK est aussi performante (si ce n'est plus performante) que celle de chez Sun.

---------------
THRAK (def.) : 1) A sudden and precise impact moving from intention, direction and commitment, in service of an aim. 2) 117 guitars almost striking the same chord simultaneously.

ztg

mes tests ci-dessus sont OpenJDK+Hotspot

je vais regarder Zero/Shark et Cacao

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