Il me semble que lorsque tu utilises l'explorateur pour accéder un fichier sur le réseau, Windows balance le user/mot de passe dans les paquets réseau. En plus, quand un mot de passe foire, il est capable d'en essayer plusieurs jusqu'à ce qu'il y en ait un qui marche, ou alors il affiche un prompt.
J'ai l'impression que ton serveur Samba est synchronisé avec ton serveur de domaine NT (i.e. les logins et mots de passe à utiliser pour accéder au serveur Samba sont les mêmes que ceux avec lesquels toi et les autres gars de la boîte se connecte sur leur machine). Partant de là, je pense que le souci avec Java, c'est qu'il semble ne pas être au courant des mots de passe ou capable d'en essayer plusieurs.
Test à faire pour valider cette hypothèse : avec Samba, déclarer un répertoire en accès anonyme, et essayer d'accéder à un fichier de ce répertoire.