Pour le moment, j'ai trouvé JLex/CUP mais je ne sais pas ce qu'ils valent.
Sont-ils bons, y en a-t-il de meilleurs?

J'ai personnellement bien apprécié le couple que tu proposes, on peut changer de lexer à la volée dans JLex (c'est une fonctionnalité sympa). C'était pour un petit compilateur d'un langage fictif (70 classes à tout casser).
 
Par contre, je n'ai rien évalué d'autre comme outils (ANTLR par ex.).

antlr est un llk, et cela ne va pas avec la grammaire que je dois implémenter.