Salut!
Par défaut quand tu instancie une JFrame, c'est le panel principal de ta fenêtre que tu vois, appelé le JRootPane. Même si tu n'as fait que new Frame();
Tu auras beau colorer ta fenetre en rouge, ce panel restera à sa couleur par défaut.
Je pense que ce que tu veux ressemble plus à maFrame.getContentPane().setBackground(maCouleur);