si j'ai bien compris, tu veux lire des séries de 8 caractères '0' ou '1' dans ton fichier texte, et les convertir en octets que tu dois écrire dans ton fichier binaire ?
 
tu peux te faire une fonction de conversion à qui tu passes un tableau de 8 caractères et qui te renvoit l'octet correspondant :
Code :
 - unsigned char conv( char* txt )
 - {
 -   unsigned char c=0;      // l'octet qui sera renvoyé
 -   unsigned char bit=0x1;  // bit de poids le plus faible ; par la suite, 'bit' contiendra le bit de poids courant
 -   int i;
 -   for( i=7 ; i>=0 ; --i )
 -     {
 -       if( txt[i]=='1' )   // on suppose que txt ne contient que des '0' ou des '1'
 -         c |= bit;         // on ajoute le bit courant
 -       bit = bit<<1;       // on décale d'un cran
 -     }
 -   return c;
 - }
 
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tu peux aller voir sur la page d'Emmanuel Delahaye : il me semble qu'il y a une bibliothèque de fonctions de manipulations de bits.