a première vue, dirais que:
1. si tu utilises le serveur X fourni avec les packages de cygwin, alors la programmation doit être la même que sous linux.
2. si tu utilises cygwin mais pas son serveur X, alors il faut utiliser les bibliothèques de GTK pour windows.
j'aurrais assez tendance à penser que l'API de GTK est la même sous win32 et sous linux. Donc à part peut être une différence à l'init, seules les opérations de link doivent être différentes.