Sous Linux, je souhaite reposer mon application sur une librairie du systeme. (openssl)  
a l'origine (sous windows), mon application integre les header de cette librairie.
 
Faut il compiler avec les header de la version que je cible ?
Que dois je changer pour pouvoir faire maintenant le liens dynamique vers la librairie de la version courante ? Comment et où définit on cette dependance et la version minimale ?

Je ne connais pas openssl, mais si c'est bien foutu, à version égale entre windows et linux, tu n'as rien à changer.

Pour la dépendance, ça dépend des compilos mais disons qu'avec gcc, c'est "-l<nom de la lib>" (ex. -lfoobar pour libfoobar.so), et la condition c'est que la bibliothèque existe dans l'un des chemins de la variable LD_LIBRARY_PATH. Si ce n'est pas le cas, soit tu la mets à jour, soit tu précises l'option -L<chemin de la lib> au compilateur.