Parce que si tu fais une connerie ou que tu rencontres un bug quand tu es root, tout ton système peut être bousillé, ou, bien pire, compromis. Tu retrouves la sécurité de Windows 9x, quoi.
Ça me paraît vraiment évident, et il est proposé avec insistance par les installeurs de distributions de créer un autre compte que root, en plus. Ça ne suffit visiblement pas, parce qu'il en reste toujours pour faire la connerie.