md5sum c'est un utilitaire (fonction de hachage) qui, concrètement, te sors un nombre à partir d'un fichier.
Il suffit de modifier 1 caractère dans ce fichier pour que le nombre retourné par md5sum diffère, alors qu'apparament, le fichier a gardé la même taille, voire la même heure de modif.
Dans ton cas, c'est le fichier /usr/X11R6/bin/Xwrapper dont le md5sum à changé entre 2 "inspections".
Ca ne veut pas dire qu'il y a eu une intrusion, c'est peut être toi qu'il l'a modifié ou un utilitaire de config. A toi de faire ton enquête maintenant...