Sous KDE, il y a ksnapshot qui fait ça très bien. Sinon, à partir du GIMP, tu fais fichier->acquisition->Capture d'écran. Mais par exemple, the GIMP n'a pas su faire une capture d'écran d'une fenêtre WinE, alors que ksnapshot n'a eu aucun problème. D'autant que ce dernier s'efface complètement pendant la capture.