L'idéal c'est de partager les données de l'utilisateur de thunderbird entre linux et windows. Perso mes données thunderbird sont sur une partition fat32 (lecteur D sous windows, partition montée dans /mnt/donnees sous linux). Mon /home/login/.thunderbird est un lien symbolique vers le répertoire qui va bien dans /mnt/donnees.
Le seul souci, c'est quand je fais hiberner (ram to disk) windows: si j'ai le malheur de toucher à un fichier sur cette partition sous linux, quand je reviens sous windows, ça me crie que des fichiers sont corrompus. Probablement le système de fichier qui ne s'y retrouve plus. A manier avec vigilance donc.